Przejdź do treści Przejdź do głównej treści
Diagnostyka genetyczna
W większości przypadków DMD można potwierdzić badaniami genetycznymi. Stosuje się je etapami, od prostszych po najbardziej szczegółowe analizy.
W większości przypadków DMD
można potwierdzić badaniami
genetycznymi.
Chcesz zobaczyć całą ścieżkę diagnostyczną DMD?
Poznaj kolejne etapy diagnostyki.
Od pierwszej wizyty do potwierdzenia rozpoznania
Badanie delecji i duplikacji genu DMD
MLPA / zwalidowana analiza CNV
Sprawdza, czy w genie DMD brakuje jednego lub kilku eksonów – jest to delecja – albo czy jeden lub kilka eksonów występuje w dodatkowej kopii – jest to duplikacja.
Delecje i duplikacje odpowiadają łącznie za około 3/4 przypadków DMD.
Ważne: jeżeli MLPA wskazuje delecję lub duplikację obejmującą tylko jeden ekson, wynik może wymagać potwierdzenia inną metodą.
Jeżeli wynik jest ujemny, należy przejść do analizy sekwencji genu DMD.
Sekwencjonowanie genu DMD
Najczęściej z wykorzystaniem technologii NGS
Badanie odczytuje sekwencję DNA w genie DMD i pozwala wykrywać mniejsze zmiany, których nie można zobaczyć w standardowej analizie delecji i duplikacji.
Może wykryć m.in.:
- warianty pojedynczych nukleotydów, w tym warianty nonsensowne,
- małe delecje i insercje,
- warianty znajdujące się w miejscach istotnych dla prawidłowego składania RNA – splicingu.
Małe warianty sekwencji stanowią około 20–25% patogennych wariantów genu DMD.
Połączenie badania delecji i duplikacji z sekwencjonowaniem genu DMD pozwala zidentyfikować przyczynę choroby u zdecydowanej większości osób z dystrofinopatią.
Jeżeli wynik nadal nie wyjaśnia objawów, dalsze badania powinny zostać dobrane indywidualnie.
Co dalej, jeśli dalej nie ma odpowiedzi ?
Jeżeli objawy nadal bardzo wyraźnie wskazują na dystrofinopatię
Pogłebiona analiza genu DMD
Można poszukiwać rzadkich zmian w genie DMD, których standardowe badania mogą nie wykrywać, np.:
WGS – sekwencjonowanie całego genomu
Może pomóc w wykrywaniu głębokich wariantów intronowych i niektórych złożonych zmian strukturalnych.
Analiza RNA
Pozwala sprawdzić, czy określona zmiana w DNA rzeczywiście zaburza splicing, czyli prawidłowe składanie informacji potrzebnej do powstania dystrofiny.
Sekwencjonowanie długich fragmentów DNA – long-read sequencing
W wyspecjalizowanych ośrodkach może pomóc wykrywać złożone rearanżacje, inwersje i głębokie warianty intronowe.
W wybranych przypadkach można rozważyć biopsję mięśnia.
Jeśli obraz choroby jest nietypowy
Szersza diagnostyka genetyczna
Przyczyną objawów może być zmiana w innym genie.
Wtedy rozważane jest zastosowanie:
Panel genów chorób nerwowo-mięśniowych
analizuje wybraną grupę genów związanych z podobnymi chorobami.
WES – sekwencjonowanie całego eksomu
analizuje części kodujące tysięcy genów,
WGS – sekwencjonowanie całego genomu
obejmuje znacznie większą część materiału genetycznego, w tym regiony znajdujące się poza eksonami.
Nie ma jednego badania, które wykrywa wszystkie możliwe zmiany genetyczne.
Ujemny wynik WES lub WGS nie zawsze wyklucza chorobę genetyczną.
Biopsja mięśnia (w wybranych przypadkach)
Ocena dystrofiny w mięśniu
Obecnie biopsja mięśnia jest potrzebna znacznie rzadziej niż w przeszłości, ponieważ większość przypadków DMD można potwierdzić badaniami genetycznymi.
Może jednak być przydatna, jeżeli wyniki badań genetycznych pozostają nierozstrzygające, a obraz kliniczny nadal silnie wskazuje na dystrofinopatię.
Immunohistochemia (IHC)
Pozwala ocenić obecność i rozmieszczenie dystrofiny w tkance mięśniowej przy użyciu odpowiednich przeciwciał.
Western blot
Pozwala ocenić ilość i wielkość dystrofiny w białkach uzyskanych z tkanki mięśniowej.
Immunohistochemia i Western blot wymagają materiału z mięśnia – nie są wykonywane niezależnie od pobrania tkanki.
Biopsja może również dostarczyć materiał do analizy RNA i pomóc w wyjaśnieniu rzadkich zaburzeń splicingu.
NGS, WES , WGS
Co warto wiedzieć?
NGS – Next Generation Sequencing
NGS jest technologią sekwencjonowania, a nie określeniem zakresu badania.
Pozwala jednocześnie odczytywać bardzo dużą liczbę fragmentów DNA.
Technologia NGS może zostać wykorzystana do badania:
genu DMD, panelu wielu genów, całego eksomu – WES, a także całego genomu – WGS.
NGS ukierunkowane na gen DMD.
Analizuje przede wszystkim gen DMD.
Jest szczególnie przydatne, gdy obraz kliniczny wskazuje na dystrofinopatię, zwłaszcza po ujemnym badaniu delecji i duplikacji.
Niektóre nowoczesne testy NGS potrafią jednocześnie wykrywać małe warianty oraz delecje i duplikacje. Trzeba jednak sprawdzić, czy dana metoda została odpowiednio zwalidowana do analizy CNV.
WES – Whole Exome Sequencing
To sekwencjonowanie części kodujących genów – eksonów.
WES umożliwia jednoczesną analizę tysięcy genów i jest szczególnie przydatne wtedy, gdy nie wiadomo, który gen odpowiada za objawy.
WES nie analizuje dokładnie większości regionów położonych głęboko w intronach. Również skuteczność wykrywania delecji i duplikacji może różnić się między laboratoriami.
Dlatego prawidłowy wynik WES nie zawsze wyklucza zmianę w genie DMD.
WGS – Whole Genome Sequencing
To sekwencjonowanie niemal całego genomu – zarówno regionów kodujących, jak i dużej części regionów niekodujących.
WGS daje możliwość wykrycia niektórych zmian niewidocznych w WES, w tym głębokich wariantów intronowych oraz zmian strukturalnych.
Nie oznacza to jednak, że WGS wykryje każdą możliwą zmianę. Znaczenie ma jakość sekwencjonowania, zastosowane metody analizy danych oraz możliwość prawidłowej interpretacji znalezionego wariantu.
VUS -Variant of Uncertain Significance
Wariant o niepewnym znaczeniu. Nie potwierdza DMD i nie może być traktowany tak samo jak wariant patogenny lub prawdopodobnie patogenny.
Dlaczego często zaczyna się od delecji i duplikacji?
To najczęstrzy rodzaj zmian w DMD. Odpowiada za około 3/4 przypadków.
MLPA jest dobrze zwalidowaną metodą wykrywania takich zmian.
Dokładne określenie zmienionych eksonów jest ważne klinicznie i może mieć znaczenie terapeutyczne.
Reguła ramki odczytu pomaga interpretować część zmian, ale nie jest bezwzgkędna i ma wyjątki – szczególnie w przypadku duplikacji.
Nie znalazłeś odpowiedzi?
Skontaktuj się znami. Pomożemy znaleźć właściwy materiał lub skierujemy do odpowiedniego specjality.
Wesprzyj działania Fundacji
Twoje wsparcie pomaga nam rozwijać edukację, działania rzecznicze i współpracę ekspertów na rzecz społeczności DMD/BMD.